هدف کلی و چشم‌انداز اصلی دو فصلنامه «یافته‌های علوم قرآنی» نظریه‌پردازی و تولید علم در زمینۀ معرف قرآنی و علوم اسلامی و نیز کاربردی سازی مفاهیم قرآن کریم در جامعه اسلامی و تربیت نسل جوان بر اساس معارف قرآنی است؛ اما موارد ذیل اهداف جزئی آن را تشکیل می‌دهد:

1. زمینه‌سازی نشر نتایج تحقیقات اعضای علمی، اساتید و محصلان ماستری علوم قرآن و حدیث در دانشگاه جامعه المصطفی؛
2. ترویج و توسعه پروسه‌های تحقیقی رشته علوم قرآن در دانشگاه جامعه المصطفی؛
3. حمایت از فعالیت‌های علمی – تحقیقی برای نهادینه‌سازی روند تحصیلات تحقیق محور؛
4. بررسی تاریخ تفسیر و اندیشه تفسیری مفسران با هدف الگوسازی در جامعه علمی افغانستان؛
5. ایجاد و بسط فضای علمی و پژوهشی در دانشگاه جامعه المصطفی و در درازمدت، در کل جامعه علمی افغانستان در حوزه علوم معارف قرآن.